сгенерировать QR код
Открытый доступ
Только для подписчиков
Масс-спектрометрическая база данных для идентификации дирофилярий
https://doi.org/10.33092/0025-8326mp2023.4.11-15
EDN: AWADNI
Аннотация
Данные об использовании MS MALDI-TOF для диагностики гельминтов скудны, но последние исследования свидетельствуют о перспективной роли этого метода для надежной идентификации нематод. В статье приводятся сведения о создании базы данных дирофилярий (Dirofilaria immitis, Dirofilaria repens).
С помощью программного обеспечения масс-спектрометра Bruker Daltonics Germany был проведен анализ белковых спектров, полученных от 58 особей D. repens и 118 D. immitis. Взрослые особи D. repens и их фрагменты удалили у 52 пациентов медицинских организаций Ростовской области и Юга России и у 6 собак из ветеринарных клиник Ростовской области. Взрослых гельминтов D. immitis удаляли из сердца и крупных легочных сосудов 11 животных семейства псовых. Полученные цифровые значения позволили выявить референсные спектры и на их основе создать базу данных для идентификации нематод рода Dirofilaria. Вид и версия системы управления базой данных: Bruker Daltonics Biotyper. Объем базы данных 562 КБ (0,562 МБ): D. repens– 145 КБ, D. immitis– 417 КБ. По данной базе данных получено свидетельство о регистрации.
Об авторах
И. С. Березинская
ФБУН «Ростовский научно-исследовательский институт микробиологии и паразитологии» Роспотребнадзора
Россия
Россия
Ростов-на-Дону.
С. А. Нагорный
ФБУН «Ростовский научно-исследовательский институт микробиологии и паразитологии» Роспотребнадзора
Россия
Россия
Ростов-на-Дону.
А. В. Алешукина
ФБУН «Ростовский научно-исследовательский институт микробиологии и паразитологии» Роспотребнадзора
Россия
Россия
Ростов-на-Дону.
Л. А. Ермакова
ФБУН «Ростовский научно-исследовательский институт микробиологии и паразитологии» Роспотребнадзора
Россия
Россия
Ростов-на-Дону.
Н. В. Чебышев
ФГАОУ ВО Первый МГМУ им. И.М. Сеченова Минздрава России (Сеченовский Университет)
Россия
Россия
И. Б. Мартюшева
ФБУН «Ростовский научно-исследовательский институт микробиологии и паразитологии» Роспотребнадзора
Россия
Россия
Ростов-на-Дону
Список литературы
1. Sy I., Conrad L., Becker S. L. Recent advances and potential future applications of MALDI-TOF mass spectrometry for identification of helminths // Diagnostics. 2022; 12 (12): 3035. DOI: 10.3390/diagnostics12123035.
2. Feucherolles M., Poppert S., Utzinger J., Becker S.L.. MALDI-TOF mass spectrometry as a diagnostic tool in human and veterinary helminthology: a systematic review // Parasites Vectors. 2019; 12: 245. DOI: 10.1186/s13071019-3493-9.
3. Ермакова Л.А., Нагорный С.А., Пшеничная Н.Ю., Криворотова Е.Ю. Клинические и лабораторные аспекты инвазии человека Dirofilaria repens // Инфекционные болезни. 2018; 16(1): 51-57. [Ermakova L.A., Nagorny S.A., Pshenichnaya N.Yu., Krivorotova E.Yu. Clinical and laboratory aspects of the invasion of human Dirofilaria repens // Infectious diseases. 2018; 16(1): 51-57 (in Russian)]. DOI: 10.20953/1729-9225-2018-1-51-57.
4. Бронштейн, А.М., Малышев, Н.А., Федянина, Л.В., Фролова, А.А., Давыдова, И.В. Клинические маски дирофиляриоза легких и плевры: анализ собственных наблюдений и обзор литературы // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2015; 20 (1): 43-49. [Bronshtein, A.M., Malyshev, N.A., Fedyanina, L.V., Frolova, A.A., Davydova, I.V. Clinical masks of pleuropulmonary dirofilariasis, a rare clinical presentation of dirofilariasis in Russia: a report of four cases and literature review // Epidemiology and Infectious Diseases. 2015; 20 (1): 43-49 (in Russian)].
5. Алешукина А.В., Алешукина И.С., Ермакова Л.А., Нагорный С.А., Пшеничная Н.Ю., Криворотова Е.Ю. Способ подготовки проб материала для идентификации вида нематод методом MALDI TOFF Biotyper. Пат. № 2703280 C1 РФ. 2019. [Aleshukina A.V., Aleshukina I.S., Ermakova L.A., Nagornyj S.A., Pshenichnaya N.Yu., Krivorotova E.Yu. Method of preparing material samples for identification of nematode species using the MALDI TOFF Biotyper method. Pat. No. 2703280 C1 RF. 2019. (in Russian)].
6. Нагорный С.А., Алешукина А.В., Алешукина И.С., Денисенко В.В., Ермакова Л.А. Актуальность применения пакета программной среды R-MALDIquant для преобразования необработанных массспектров дирофилярий // Медицинская паразитология и паразитарные болезни. 2022; 4: 16-22. [Nagornyj S.A., Aleshukina A.V., Aleshukina I.S., Denisenko V.V., Ermakova L.A. The relevance of using the Software Package R-MALDIquant for the conversion of raw MassSpectra of Dirofilaria. Med parazitol Mosk, 2022; 4: 16-22 (in Russian)]. DOI: 10.33092/0025-8326mp2022.4.16-22.
7. Чеботарь И.В., Поликарпова С.В., Бочарова Ю.А., Маянский Н.А. Использование времяпролетной масс-спектрометрии с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией (MALDI-TОF MS) для идентификации бактериальных и грибковых возбудителей III-IV групп патогенности //Лабораторная служба. 2018; 7(2): 78-86. [Chebotar I.V., Polikarpova S.V., Bocharova Yu.A., Mayansky N.A. Use of matrixassisted laser desorption/ionization time-offlight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) for identification of bacteria and fungi of the pathogenicity group III and IV // Laboratornaya sluzhba. 2018; 7(2): 78-86 (in Russian)]. DOI: 10.17116/labs20187278-86.
8. Поликарпова С. В. и др. Руководство по микробиологической диагностике инфекций дыхательных путей у пациентов с муковисцидозом // Тверь: Триада. 2019: Т. 127. [Polikarpova S.V. et al. Guidelines for microbiological diagnosis of respiratory tract infections in patients with cystic fibrosis // Tver: Triad. 2019: T. 127 (in Russian)].
9. Телесманич Н.Р., Гончаренко Е.В., Чайка С.О., Чайка И.А., Теличева В.О. Возможности применения MALDI-TOF масс-спекрометрии для изучения углевод-специфических рецепторов диагностического бактериофага Эль-Тор // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2016; 2: 85-90. [Telesmanich N.R., Goncharenko E.V., Chaika S.O., Chaika I.A., Telicheva V.O. Possibilities of application of MALDI-TOF Mass-spectrometry for study of carbohydratespecific receptors for diagnostic bacteriophage El-Tor //Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology. 2016; 2: 85-90 (in Russian)].
10. Freiwald A., Sauer S. Phylogenetic classification and identification of bacteria by mass spectrometry // Nature protocols. 2009; 4(5): 732-742. DOI:10.1038/nprot.2009.37.
11. Nagorny S., Aleshukina A., Aleshukina I., Denisenko V., Ermakova L., Pshenichnaya N. Application of Mathematical Models for MALDITOF MS on the Example of Dirofilariasis // International Journal of Infectious Diseases. 2022; 116: S95. DOI: 10.1016/j.ijid.2021.12.224.
12. Березинская И.С., Нагорный С.А., Мартюшева И.Б., Алешукина А.В. База данных масс-спектров нематод (дирофилярий) Свидетельство о регистрации базы данных 2023621061, 31.03.2023. Заявка № 2023620833 от 28.03.2023 [Berezinskaya I.S., Nagorny S.A., Martyusheva I.B., Aleshukina A.V. Database of mass spectra of nematodes (dirofilaria) Database registration certificate 2023621061, 03/31/2023. Application No. 2023620833 dated 03/28/2023. (in Russian)].
Рецензия
Для цитирования:
Березинская И.С., Нагорный С.А., Алешукина А.В., Ермакова Л.А., Чебышев Н.В., Мартюшева И.Б. Масс-спектрометрическая база данных для идентификации дирофилярий. Медицинская паразитология и паразитарные болезни. 2023;(4):11-15. https://doi.org/10.33092/0025-8326mp2023.4.11-15. EDN: AWADNI
For citation:
Berezinskaya I.S., Nagorny S.A., Aleshukina A.V., Ermakova L.A., Chebyshev N.V., Martyusheva I.B. Mass spectrometric database for identification of dirofilariae. Medical Parasitology and Parasitic Diseases. 2023;(4):11-15. (In Russ.) https://doi.org/10.33092/0025-8326mp2023.4.11-15. EDN: AWADNI
Просмотров:
24
JATS XML
Послать статью по эл. почте 