Первый журнал «Медицинская паразитология и паразитарные болезни» вышел в 1923 году, когда основной задачей в области здравоохранения СССР была борьба с инфекционными и паразитарными болезнями. Среди паразитарных болезней наибольший уровень заболеваемости населения принадлежал малярии. Для решения этой проблемы создавались институты и противомалярийные станции, основной задачей которых была разработка мероприятий по борьбе с малярией и другими паразитарными болезнями. Исследовательская и практическая работа эпидемиологов, паразитологов, клиницистов и энтомологов требовала обобщения и обмена опытом. На 1 Всероссийском малярийном съезде в 1923 г. было принято Постановление о необходимости издания специального журнала по медицинской паразитологии, выполненное осенью 1923 г. Первоначально журнал назвали «Русский журнал тропической медицины», он вышел под редакцией профессоров Евгения Ивановича Марциновского и Константина Ивановича Скрябина. Тематика журнала включала разделы: протозоология и протозойные болезни, гельминтология и глистные болезни, энтомология и арахнология, биологическая химия и химиотерапия, гигиена жарких стран. Тираж журнала сначала был небольшим — 500 экземпляров. В последующие годы журнал выходил 6 раз в год, тиражом уже 800 экземпляров. К 1929 г. тематика журнала пополнилась четырьмя новыми разделами: проказа, ветеринария, гематология и ядовитые животные, изменилось и его название на «Русский журнал тропической медицины, медицинской и ветеринарной паразитологии». Примечателен № 3 за 1929 г., посвященный лихорадке Денге, в то время эндемичной в Греции и в Турции, при наличии на южных территориях СССР переносчика этой болезни Ае. аegypti. Эта ситуация восстановилась в настоящее время в Южной Европе, а комары Ае. аegypti обнаружены на побережье Черного моря в России.
В 1930 г. журнал изменил название на «Тропическая медицина и ветеринария», а с 1932 г. по настоящее время он именуется — «Медицинская паразитология и паразитарные болезни». Главным редактором журнала с 1923 и по 1934 гг. оставался Е.И. Марциновский, его заместителями были К.И. Скрябин и П.Г. Сергиев. В состав редколлегии входили известные учёные-паразитологи, а в редакционный совет — 12 паразитологов из Перми, Ростова на Дону, Бухары, Тифлиса, Сталинабада, Одессы, Саратова, Воронежа, Еревана, Баку, Харькова и Астрахани. После кончины Е.И.Марциновского в 1934 г. в течение 1935 г. руководство изданием журнала осуществляли профессоры К.И. Скрябин и Ш.Д. Мошковский. С 1936 г. ответственным редактором стал П.Г. Сергиев. Особого внимания заслуживает издание журнала в годы Великой отечественной войны. В это трудное для нашей страны время журнал выходил регулярно (шесть номеров в год) и продолжал свою информационную, научную, руководящую роль для всех сотрудников противомалярийных станций и профильных институтов. Для этих институтов в 1942 г. были определены приоритетные направления, в том числе: Украинский тропический институт — профилактика глистных заболеваний среди горнорабочих, Грузинский — анкилостомидоз, Армянский — эпидемиология амебиаза, Узбекский — клещевой возвратный тиф, Таджикский — систематика москитов, Азербайджанский — трихостронгилидозы человека. В 1941—1945 гг. журнал оповещал своих читателей о наиболее значимых научных достижениях и успешных опытах в борьбе с паразитарными болезнями, о постановлениях правительства о ближайших задачах, стоящих перед паразитологами; печатал объявления о предстоящих совещаниях и итоги выполнения годовых планов по научным исследованиям. В послевоенные годы в журнале публиковали рефераты последних зарубежных публикаций и библиографические указатели выходящей на территории страны и за рубежом литературы по различным аспектам паразитологии.
За 103 года издания журнала главными редакторами журнала были сотрудники Института медицинской паразитологии и тропической медицины Евгений Иванович Марциновский (1923— 1934 гг.), академик АМН СССР Петр Григорьевич Сергиев (1936— июнь 1972 гг.); член-корреспондент АМН СССР Константин Петрович Чагин (июль 1972— 1980); с 1981 по 1988 гг. главным редактором был руководитель отдела болезней с природной очаговостью Института эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф.Гамалеи АМН СССР заслуженный деятель науки РСФСР профессор Валент Викторинович Кучерук, затем профессор Лев Семенович Яроцкий (1988— 1994); академик РАН профессор Владимир Петрович Сергиев — с 1995 г. по настоящее время. Ответственными секретарями журнала были сотрудники института: П.П. Попов, А.М. Кранцфельд, чл.-корр. АМН СССР В.П. Подъяпольская, проф. В.П. Дербенева-Ухова, кандидаты мед. наук В.Б. Сченснович, З.К. Воронина, А.А. Фролова. К долголетию журнала были причастны многие сотрудники ИМПиТМ им. Е.И. Марциновского: профессоры А.Н. Алексеев, Н.А. Романенко, Е.С. Лейкина, Н.Н. Озерецковская, Н.Н. Духанина, Э.Е. Шуйкина, В.П. Дремова, М.Н. Лебедева, В.Д. Завойкин, А.М. Баранова, доктора наук О.Г. Полетаева, Л.А. Ганушкина, кандидаты наук О.И. Келлина, И.С. Васильева, Л.В. Федянина, которые безвозмездно, единственно с целью помочь своим коллегам в удаленных регионах страны работали в журнале рецензентами и научными редакторами, представляли статьи на редколлегиях. Поступающие в журнал статьи, способствовали (с 2008 г.) включению журнала в новую редакцию Перечня ведущих научных журналов и изданий, рекомендуемых ВАК для публикации основных научных результатов диссертаций на соискание ученой степени доктора или кандидата наук.
С начала 2019 года учредителем и издателем журнала «Медицинская паразитология и паразитарные болезни» является ООО МИП «Научно-образовательный паразитологический центр им. П.Г. Сергиева» — частное издательское предприятие.
Согласно Приказу Министерства науки и высшего образования (Минобрнауки России) №02-1198 от 06.12.2022 г. рабочей группой по совершенствованию и оптимизации перечня рецензируемых научных изданий утверждена методика по оценке изданий, входящих в Перечень рецензируемых научных изданий, для распределения по категориям, согласно их актуальным наукометрическим показателям.
Журнал «Медицинская паразитология и паразитарные болезни» вошел в перечень под номером 398 и был причислен к К1.
Журнал находится на 2 уровне Единого государственного перечня научных изданий — «Белого списка».
